Celem Dni Jana Pawła II, których XVI edycja odbędzie się w dniach 15-18 listopada 2021 r., jest upamiętnienie postaci Świętego Jana Pawła II i popularyzacja jego dziedzictwa w społeczności akademickiej Krakowa i całej Małopolski. 
Decyzja o organizacji pierwszych Dni Jana Pawła II została podjęta w 2006 r. przez Kolegium Rektorów Szkół Wyższych Krakowa. W przedsięwzięciu wzięły udział nie tylko krakowskie uczelnie, ale także szkoły wyższe z województwa małopolskiego. Ich działania – pod hasłem „Prawda” – koordynowała wówczas Papieska Akademia Teologiczna (dziś: Uniwersytet Papieski Jana Pawła II). Następnie rolę głównego organizatora przejmowały kolejno: Uniwersytet Ekonomiczny (2007 – „Dobro”), działające wspólnie szkoły artystyczne Krakowa – Akademia Muzyczna, Państwowa Wyższa Szkoła Teatralna i Akademia Sztuk Pięknych (2008 – „Piękno”), Uniwersytet Jagielloński (2009 – „Wiara i nauka”), Akademia Górniczo-Hutnicza (2010 – „Wolność”), Politechnika Krakowska (2011 – „Godność”), Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie (2012 – „Dialog”, 2013 – „Mądrość”, 2014 – „Nadzieja”, 2015 – „Świętość”, 2016 – „Miłosierdzie”, 2017 – „Prawa człowieka i prawa narodów”, 2018 – „Niepodległość” , 2019 – „Uniwersytet”, 2020 – „Jan Paweł II. Co dalej?”).
Hasło przewodnie tegorocznej XVI edycji Dni Jana Pawła II brzmi: „KU POJEDNANIU”.